Larutan netral lipopolisakarida dapat disimpan pada suhu kamar selama beberapa bulan, dan aktivitas biologisnya tidak berubah secara signifikan. Jika disimpan pada suhu 4 ℃ atau dalam lemari es bersuhu rendah, aktivitas biologisnya dapat tetap tidak berubah selama beberapa tahun hingga beberapa dekade. Bubuk netral lipopolisakarida kering dapat disimpan pada suhu kamar atau lemari es selama beberapa dekade atau lebih lama tanpa kehilangan aktivitas biologisnya.

Ketika lipopolisakarida ditempatkan dalam larutan asam pada suhu kamar, molekulnya mengalami degradasi parsial. Perubahan ini terutama melibatkan pembelahan ikatan glikosidik antara polisakarida dan lipid A, dan pembelahan ikatan lipid A1-glukosida. Pemanasan dapat meningkatkan reaksi ini. Larutan asam kuat dapat sepenuhnya menghancurkan lipopolisakarida dalam kondisi pemanasan.

Faktor alkali memiliki pengaruh besar pada molekul lipopolisakarida, terutama pada molekul lipid A. Pada saat ini, ikatan ester 4-fosfat pada kerangka lipid A dan ikatan ester asam lemak pada posisi 3 dan 3 mudah dihancurkan, yang dapat menyebabkan molekul terbelah. Pada saat ini, molekul yang terdegradasi kehilangan aktivitas endotoksin khasnya. Lipopolisakarida dapat hancur total di bawah kondisi alkali yang kuat.