Bagaimana memengaruhi sintesis LPS dari GNB sehingga LPS dan GNB dapat dengan mudah dikenali dan dibersihkan oleh inang juga merupakan tindakan untuk mengobati endotoksemia. Pada endotoksemia enteogenik, Escherichia coli (E.coli) memiliki struktur LPS yang khas, yang mudah lolos dari reaksi pembersihan fagositosis inang, menunjukkan aktivitas biologis endotoksin yang kuat, dan menyebabkan berbagai efek toksik. Oleh karena itu, dalam studi endotoksin, LPS E. coli sering digunakan untuk mengevaluasi efek biologis endotoksin dan mengevaluasi berbagai tindakan intervensi; Ketika GNB eksogen terinfeksi, struktur LPSnya tidak memiliki struktur LPS yang khas, dan toksisitasnya relatif rendah, yang mudah dibersihkan oleh inang.

Sarjana Jerman Seydel et al. menempatkan makromolekul agregat LPS dalam salin fisiologis, menggunakan IL-6 yang disekresikan oleh makrofag sebagai indikator, dan menggunakan teknologi difraksi sinar-X radiasi sinkrotron untuk menganalisis struktur tiga dimensi LPS yang berbeda. Ditemukan bahwa LPS dengan struktur kerucut memiliki toksisitas biologis yang kuat, sedangkan struktur kimia kubik dari struktur silinder tidak memiliki toksisitas atau memiliki toksisitas rendah. Hexaacyl lipid A dari E.coli adalah struktur kubus terbalik, sedangkan pentadactyl lipid A dan tetradecyl lipid A dari E.coli membentuk struktur multilaminar, dan cenderung memiliki sedikit struktur misel; Namun, c.jejuni lipid A adalah struktur unilamellar dengan sedikit kecenderungan untuk berkembang menjadi struktur kubus terbalik. Semua lipid A lainnya membentuk struktur berlapis-lapis tanpa kecuali. Setiap lipid A dari bakteri usus heksadesil berbentuk kerucut atau cekung, lipid pentadaktil terutama berbentuk silinder, dan lipid tetradesil A berbentuk silinder, dan memiliki kecenderungan untuk berkembang menjadi kerucut atau cembung (penampang zona hidrofobik sedikit lebih kecil dari itu zona hidrofilik).

Data saat ini menunjukkan bahwa ada prinsip umum LPS dalam endotoksin. Hanya lipid A yang berbentuk kerucut atau cekung yang memiliki aktivitas biologis tinggi, seperti E. coli di usus. LPS tidak memiliki aktivitas agonis dan terkait dengan bentuk silinder dari lipid A. LPS yang tidak memiliki gugus asil tidak berarti dapat digunakan sebagai antagonis. Mungkin ketika endotoksin diinternalisasi ke dalam monosit, makrofag, neutrofil, dan sel dendritik, endotoksin dihidrolisis secara enzimatik oleh asil karboksil hidrolase (AOAH) untuk menghasilkan deasil lipid A, dan pada saat yang sama mengubah morfologi tiga dimensinya. Saat ini, tidak ada efek toksik. Terlihat bahwa ada tidaknya gugus asil pada LPS tidak berarti tidak beracun. Penting untuk memahami struktur tiga dimensinya.

Efek biologis endotoksin dan jumlah muatan negatif LPS, jumlah rantai asil, distribusi gugus asil, derajat kejenuhan asam lemak rantai asil, dan perubahan konformasi stereo semuanya mempengaruhi aktivitas endotoksin. Kesimpulan ini dapat menciptakan landasan teoritis untuk desain analog LPS dan membuatnya memusuhi efek LPS beracun.